وظايف و اختياراتی كه در اساسنامهء پژوهشگاه برای شورای پژوهشی در نظر گرفته شده است، به اين شرح است:

1.  تصویب آیین‌نامهء داخلی شورا؛

2. تعیین خط‌مشی‌ و برنامه‌های علمی، پژوهشی و آموزشی پژوهشكده‌ها در چارچوب سیاست‌ها و مصوبات «وزارت»؛

3.  تصویب آیین‌نامه‌ها و شیوه‌نامه‌های پژوهشی گروه‌های پژوهشی، مراكز پژوهشی و پژوهشكده‌ها؛

4.  تایید بودجه سالانه و تفصیلی پژوهشكده‌ها و پیشنهاد آن به رئیس پژوهشگاه برای ارسال به هیئت امنا؛

5.  بررسی و تصویب طرح‌های پژوهشی پژوهشكده ها و نظارت بر كیفیت و حسن اجرای آنها؛

6. بررسی پیشرفت طرح‌های پژوهشی طبق برنامه مصوب و در صورت لزوم تجدیدنظر و تصویب تغییرات آنها؛

7.  تعیین داور یا هیئت داوران طرح‌های پژوهشی خاتمه‌یافته؛

8. ارزیابی نتایج فعالیت‌های علمی، پژوهشی، آموزشی و انتشارات پژوهشی پژوهشكده‌ها؛

9. تأیید پیشنهاد تأسیس و انحلال گروه‌های پژوهشی، مراكز پژوهشی و پژوهشكده‌ها به منظور ارسال به معاونت پژوهشی «وزارت» برای طی مراحل قانونی؛

10.   تعیین خط‌مشی ارتباط علمی با سایر مؤسسات و مراكز آموزشی و پژوهشی كشور برابر ضوابط و مقررات مربوط؛

11.  بررسی و تصویب برگزاری دوره‌های تحصیلات تكمیلی، دوره‌های كوتاه‌مدت آموزشی، همایش‌ها و بازدید‌های علمی طبق ضوابط و مقررات؛

12. تأیید آیین‌نامه‌های سفرهای علمی، ‌بورس‌های تحصیلی و فرصت‌‌های مطالعاتی در چارچوب ضوابط و مقررات مربوط؛

13.  بررسی و تصویب سفرهای علمی، بورس‌های تحصیلی و فرصت‌های مطالعاتی اعضای هیئت علمی پژوهشگاه طبق ضوابط و مقررات مربوط؛

14.   بررسی و پیشنهاد نیازهای تجهیزاتی، انتشاراتی، اطلاعاتی و علمی پژوهشكده‌ها به رئیس پژوهشگاه؛

15.   تصویب آیین‌نامه‌های تألیف و ترجمه كتاب و مقاله و نحوه انتشار نتایج فعالیت‌های علمی و پژوهشی پژوهشگاه؛

16.  بررسی و اظهارنظر راجع‌ به صلاحیت علمی متقاضیان عضویت در هیئت علمی پژوهشگاه كه توسط مراكز پژوهشی و پژوهشكده‌ها و از طریق رئیس پژوهشگاه پیشنهاد می‌شود؛

17. انجام سایر اموری كه در چارچوب ضوابط و مقررات از سوی هیئت امنا یا رئیس پژوهشگاه به شورا محول می‌شود.